Naruto est un garçon un peu spécial. Il est toujours tout seul et son caractère fougueux ne l'aide pas vraiment à se faire apprécier dans son village. Malgré cela, il garde au fond de lui une ambition: celle de devenir un maître Hokage, la plus haute distinction dans l'ordre des ninjas, et ainsi obtenir la reconnaissance de ses pairs...
Sasuke, Sakura et Naruto passent un test dont le but est de s'emparer de clochettes que détient le professeur Kakashi. Il leur fait bien réaliser leur infériorité et leur manque d'expérience et finit par leur annoncer qu'ils n'ont aucune chance de devenir ninjas...
En compagnie de Sasuke et de Sakura, Naruto, le pire garnement de l'école des ninjas du village caché de Konoha, réussit avec brio le test de survie imposé par maître Kakashi. A présent, les trois jeunes gens forment une vraie équipe, mais ils ne sont encore que des ninjas de rang inférieur...
Sasuke s'effondre après avoir voulu protéger Naruto... !! Déclenché à la fois par la rage et la tristesse, un étrange bouleversement se produit en Naruto. Haku est alors subitement balayé par le point rageur de Naruto... !?
Un groupe d'aspirants ninjas venus d'un autre village sont venus à Konoha pour passer l'examen de sélection des ninjas de "moyenne classe". Kakashi propose à ses élèves de se présenter, eux aussi, à cet examen. Et c'est partagés entre l'excitation et l'appréhension, que Naruto, Sasuke et Sakura vont déposer leur formulaire de candidature. Qui sait ce que les épreuves leur réservent... ?
Après avoir passé la première épreuve de l'examen de sélection des ninjas de "moyenne classe", un examen écrit, naruto et ses camarades se rendent sur les lieux de la seconde épreuve : "la forêt de la mort". Ainsi commence une lutte sans merci afin de s'emparer du rouleau que possède chacune des équipes concurrentes...
Sakura reste seule pour luttre contre les ninjas d'Oto no Kuni. Elle décide alors de riposter avec toute la fureur du désespoir... Mais quelle est donc cette marque qu'Orochimaru a apposé sur Sasuke? Quel effet va-t-elle produire lorsque celui-ci se réveillera?
Naruto, Sasuke et Sakura ont brillamment passé la deuxième épreuve et s'apprêtent maintenant à entamer la troisième. Mais avant cela, il y aura une pré-sélection ! Kabuto vient de déclarer forfait... 20 candidats, parmi les plus doués, vont s'affronter dans une série de duels au sommet !!
Les sélections pour la troisième épreuve de l'examen se poursuivent. Les vingt meilleurs prétendants s'affrontent dans un tournoi endiablé! Sasuke, Shino et Kankurô sont qualifiés et le duel opposant Ino à Sakura est à son paroxysme! À quand le tour de Naruto?! Une bataille terrifiante se prépare...
La phase qualificative pour la troisième épreuve atteint l'apothéose avec le combat entre Lee et Gaara. Face à un redoutable adversaire qui peut commander au sable contenu dans sa jarre, Lee n'a pour seul atout que son Taijutsu, qu'il a cependant pu élever à un niveau sur-humain. Pourra-t-il inquiéter Gaara?!
